Yhden tulkinnan mukaan Menkijärvi on saanut nimensä Suur-Pirkkalan Vesilahden pitäjän Menkalan kylän erämiesten mukaan, jotka valtasivat 1400-luvun alussa Menkijärven ympäristön riista- ja kalamaikseen vaihtaakseen sen puolivuosisataa myöhemmin satakuntalaisille Saastamalan karkkulaisille. Lappalaisvaikutteista kertovat yhä nähtävissä olevat ”Lapin rauniot”.

Ensimmäinen uudistila merkittiin maakirjataloksi 1560-luvulla. Isojaossa Menkijärvellä oli viisi taloa. Maanviljelyksestä ja karjanhoidosta saatava peruselanto on ollut menkijärveläisille aina tärkeä. Maatyyppi ja ilmasto eivät ole parhaat mahdolliset maanviljelyksen harjoittamiseen, pellot ovat kiviset tai soiset ja hallanarat. Karjanrehun tuottamiseen ne ovat kuitenkin riittäneet.

Yläpalkissa oleva kartta on peräisin vuodelta 1840. (Heikki Rantatuvan kokoelmista)

1800-luvulla karjankasvattajat alkoivat kuivattaa Vähä-Menkijärveä, josta niitettiin järviheinää karjan tarpeisiin aina 1950-luvulle saakka. Tulva-aikoina Vähä-Menkijärvi ylsi Menkijärven selkään aina 1500 luvulle asti. Vuosina 1940-1941 tehty raivaustyö lähes kuivatti Vähäjärven vesialueen.

Maanviljelyksestä ja karjanhoidosta saatavan elannon lisäksi Menkijärvellä on nautittu aina metsän (tervan, puun ja puurakentamistaidon) tuomasta leivästä. Tervanpoltosta kielivät useat vanhat tervahaudat Menkijärven ympäristön lähimetsistä. Tervaa myytiin 1500-luvun lopulta lähtien lähinnä Uudenkaupungin majamiehille Pohjanlahden rannikolle. 1600-luvun katovuosista selvittiin lähinnä tervasta saadulla toimeentulolla. Tervaa poltettiin aina 1950-luvulle asti. Omien metsien tuoman tulon lisäksi oli talviaikaan käyty savotoilla puunhakkuussa kaukanakin lisätienestiä hankkimassa.

 Metsästämään menkijärveläiset ovat aina olleet innokkaita ja kylän järvistä on aina pyytäjälle kalaa tullut mutta elinkeinoksi näistä ei ole ollut. 1940-1950-lukujen taitteessa Menkijärvestä kehittyi Alajärven hirsiveistäjien keskus. Kylän yritykset valmistivat vuosittain noin 50 rakennusta 1960-luvulle saakka. Rakennukset toimitettiin lähinnä Helsingin seudulle. Vientiäkin oli Ruotsiin. Osa yrityksistä rakennutti kehikoita myös Alajärven muissa kylissä. 1960-luku oli käsinveistetyn hirsirakentamisen huippu Menkijärvellä. Suomalaisten lomanviettotavat suosivat mökkikulttuuria ja rakennuksia veistettiin useana vuotena noin 100 kpl. Vuosikymmenen lopulla kylään tuli ensimmäinen nurkkasalvoskone ja käsinveistetty hirsi alkoi pikkuhiljaa menettää suosiotaan.

Suomen sodan aikana vuonna 1808 Menkijärvellä kahakoitiin Venäjän ja Ruotsi-Suomen joukkojen kesken.

Menkijärven koulu aloitettiin syksyllä 1911 vuokratiloissa ja ensimmäinen koulurakennus rakennettiin vuonna 1916. Nykyinen koulurakennus rakennettiin vuonna 1956. Vuonna 1933 oli merkittävä vuosi. Suurpalo tuhosi yli 2000 hehtaaria metsää, työväentalo lakkautettiin ja purettiin ja maamiesseurantalo rakennettiin. Lentokenttä raivattiin 1930-luvun lopulla, kiitorataosa päällystettiin 1970-luvun alussa öljysoralla ja kiitorataa levennettiin ja pidennettiin vuosina 1982 ja 1984. Menkijärvelle perustettiin sähköosuuskunta 1940 ja 1950-lukujen vaihteessa, osuuskunta raukesi vuonna 1964, jolloin Menkijärvelle alkoi tulla sähkö Alajärveltä.

Jatkosodan jälkeen Menkijärvi sai ensimmäiset puhelinlinjansa. Maamiesseurantalo purettiin vuonna 1978. Vesiosuuskunta perustettiin 1970-luvun alussa. Kylän läpi vievä maantie sai öljysorapäällyksen vuonna 1980.